Fabuła poziomu

Po ucieczce Hunterowi-Chopperowi, który atakował nas minami, zlatujemy na dół sporej ( choć mniejszej od tej z HL1 ) zapory wodnej. Tak zaczyna się poziom "Black Mesa East". Po krótkim kursie, dobijamy do betonowej przystani, która służy zapewne jako przystanek dla rebeliantów, którzy zostają oddelegowani do różnych posterunków. Sama baza stanowi zapewne kolejne miejsce, w którym badana jest teleportacja. Po wejściu do komory dezynfekcyjnej wrota zamykają się, a dr Judith Mossman przeprowadza badanie bohatera gry. Gdy odkrywa, że to człowiek, odchyla zabezpieczenie pokoju kontrolnego i poznaje Freemana. Wita się z nim i prowadzi go do windy, którą zjeżdżają na niższe piętra tego mini-kompleksu. Po drodze gracz może zauważyć codzienne życie bazy Black Mesa East ( w kolejności ) - pokoje wypoczynkowe, gdzie dwa Vortiguanty grają w szachy, następnie kuchnia, gdzie jest przygotowywany posiłek dla pracowików bazy, następnie korytarz, gdzie Vortiguanty starają się opanować - prawdopodobnie - generator prądu, aż przyjeżdżamy do pokoju badawczego, gdzie znajduje się teleporter, który niestety nie przyjął nas w drugim rozdziale gry. Znajduje się tam Eli Vance, który rozmawia z Vortiguantem, który wykonuje jego polecenia przy rurach z nieznaną żółtą cieczą. Gdy wywiązuje się rozmowa, Eli Vance nawiązuje do wieku Gordona Freemana, który w ogóle się nie postarzał, przez znany nam stan "zawieszenia", w który wprowadził go G-Man. Eli pozwala nam się rozejrzeć po laboratorium, co można wykorzystać, by liznąć nieco historii, która nas ominęła. Na tablicy korkowej znajdują się wycinki z gazet - swoją drogą ostatnie, które wydano jako wolną prasę. Większość pisze o kapitulacji ziemi, znajduje się tam również materiał o Wallace Breen, który rozpoczął pertraktacje jako przedstawiciel ziemi. Jedyna osobisty przedmiot to zdjęcie Eli'ego, jego żony i małej Alyx Vance. Wchodzi ona do laboratorium po chwili, nie mogąc uwierzyć, że Gordonowi udało się tak szybko dotrzeć do laboratorium. Okazuje się, że pobił jej własny rekord. Potem Eli wprowadza do oszklonej gabloty próbkę, która bardzo przypomina tą z Black Mesa, próbkę G-3883. Później do pokoju wchodzi dr Judith, rozpoczynając kłótnię z Alyx. Po chwili Alyx zabiera Freemana, aby pokazać mu Gravity Gun, ale również by uwolnić się od dr Mossman. Po drodze mijają tunel do Ravenholm, co komentuje słowami: "This is old passage to Ravenholm... We don't go there anymore...". Wychodzą na złomowisko, gdzie Alyx podaje Gravity Guna Freemanowi. Musi on rozwiązać kilka prostych zagadek fizycznych, żeby przejść na "boisko" - może o tym świadczyć kosz do koszykówki na jednej ze ścian wąwozu, który służy za wysypisko. Tam gracz poznaje Doga - robota, którego Eli stworzył, by ochraniał jego córkę, która miała wtedy kilka lat. Grają przez chwilę rzucanymi przedmiotami, po czym następuje atak Kombinatu, który skanuje teren w poszukiwaniu Freemana, a używa do tego rakiet z Headcrabami. Dwójka musi natychmiast się wycofać do bazy, jednak tylko Alyx udaje się uciec - droga zostaje zatarowana przez strop, który zawalił się tuż przed Freemanem. Musi iść przez Ravenholm.

Wyjątkowość poziomu

Black Mesa East jest jednym z dwóch poziomów w całej serii Half-Life, w których z nikim nie walczysz - podobną strukturę miał pierwszy poziom Half-Life, polegający na dotarciu do komory testowej i zapoczątkowania Kaskady Rezonansowej. Dostajesz tu Gravity Guna - urządzenie ( w cytadeli również broń ), które pomaga Ci przez resztę gry. Poziom pokazuje też zażyłość rebeliantów i Vortiguantów. Razem prowadzą ośrodek, razem go naprawiają, również w późniejszych poziomach i dodatkach do gry razem walczą.